加班调休与加班工资的处理并非“一刀切”，存在2类特殊情况会影响结果：
1. 公司有明确调休政策且员工知晓并同意：若劳动合同或公司规章制度中明确“休息日加班的调休需在3个月内完成，逾期未休视为员工自愿放弃”，且您入职时签字确认知晓该政策。此时若您因个人原因未在3个月内申请调休，公司无需支付加班工资，调休权益视为失效。
2. 因员工个人原因未调休：若公司多次通知您安排剩余调休（如邮件通知“请于本月内申请5天未休调休”），但您因个人事务（如旅游、照顾家人）拒绝或未回应，导致调休逾期。此时公司无过错，无需支付未休调休对应的加班工资。
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处理加班调休与加班工资的争议时，不少劳动者会因操作不当错失权益，以下是2点常见错误：
1. 自愿放弃调休却未留书面确认：部分劳动者因个人原因未休调休，公司要求签署“自愿放弃调休声明”就签字，后续再主张加班工资时，公司会以此抗辩“员工自愿放弃”，导致权益受损。
2. 超过仲裁时效才主张权利：劳动争议仲裁时效为1年，若您知道公司未支付未休调休的加班工资后，超过1年未投诉或申请仲裁，即使证据充分，也可能因时效届满无法获得支持。
若您曾有上述错误操作，或不确定自己的情况是否已过时效，建议及时咨询律师，避免权益进一步流失。
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针对“公司加班时间调休未休完应支付加班工资”的结论，可依据《中华人民共和国劳动法》的明确规定进行验证。
《中华人民共和国劳动法》（2018年修正）第四十四条规定：“休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。”结合您的问题，若公司安排您休息日加班后未实际完成调休，或法定休假日加班后仅安排调休，均违反上述规定。休息日加班的核心是“补休优先但未补休需付薪”，法定休假日加班则无补休替代空间，必须直接支付3倍工资。因此，未休完的调休对应的加班时间，公司应按对应标准支付加班工资。
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未妥善处理加班调休与加班工资的问题，可能引发2类法律风险，以下结合实例说明：
1. 诉讼时效风险：假设您2022年10月有5天休息日加班未调休，公司承诺2023年3月前安排调休但未兑现，您直到2024年11月才申请仲裁。此时已超过1年仲裁时效，公司若提出时效抗辩，劳动仲裁委可能驳回您的请求，您将无法追回这5天的加班工资（共10倍日工资）。
2. 证据链断裂风险：您主张2023年有10天加班未调休，但仅能提供同事证言，无加班申请单、打卡记录等书面证据，公司又否认加班事实。此时因证据不足，仲裁或诉讼可能败诉，无法获得应得的加班工资。

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